空間トランスクリプトーム解析 STEREO-Seq組織切片処理からデータ解析までの
一貫したサービス
STEREO-Seq解析は、組織内での細胞およびその内部構造をこれまでにない解像度でナノスケールの位置情報を有したまま、遺伝子発現の包括的な解析を可能にした技術です。弊社では、STEREO-Seqワークフロー全体のEnd to Endサービスを提供いたします。
サービスの特徴ナノスケールの高解像度と広い解析範囲
スポット直径
220nm
密度400スポット
/100μm2の解像度
約10億リード
/チップのデータ量
サービスの概要様々な大きさの組織に対応
サンプルタイプ：OCT包埋凍結組織（>10uM）
チップサイズ：1 cm x 1 cm※
予想データ量：約10億リード/チップ
プラットフォーム：DNBSEQ-G400またはDNBSEQ-T7
標準納期：4-6週（サンプルQCからデータ返却まで）
※新チップ(1cmx2cm chip)Coming Soon、他サイズも今後リリース予定。
Figure: Stereo-seq dissects the adult mouse brain with cellular resolution Chen et al.,2022, Cell 185, 1777-1792
追加パッケージ豊富なバイオインフォマティクス解析
スタンダードサービスに標準添付されているバイオインフォマティクス解析に加え、豊富なバイオインフォマティクス解析メニューをご用意しております。
追加パッケージ例
- スタンダードサービスに標準添付
- FastQ file/Stained tissue/image/Barcode Mask File/QC/statistics (total reads;sequencing statistics)
- Secondary Analysis
- Sequence Alignment Map File/Gene Count Matrix /Barcode/Mapping information/QC/statistics (Barcode mapping statistics;Alignment statistics)
- Tertiary Analysis
- Spatial Gene Expression/Cluster Analysis/Spatial Copy Number/Variation/Trajectory Inference/Ligand-receptor Analysisなど
その他次世代シーケンス解析サービス高度なデータ処理能力と高品質なデータ保証
PCRFreeのライブラリ調整や、最大640検体を一度に処理。PE150およびPE100、Q30スコア85%以上の高品質なデータをご提供いたします。また、弊社のバイオインフォマティクスのエキスパートが解析をサポートいたします。
豊富な解析メニュー各種シーケンス解析に対応
WGS - ヒト全ゲノムシーケンス
独自のDNA ナノボールシーケンス技術とPCR を使用しないライブラリー調製を組み合わせて利用し、高精度でア ーキファクトの少ない結果を提供します。シーケンスアラインメントとバリアントコールは無料で提供します。
hWGMS - ヒト全ゲノムメチル化シーケンス
世界最大のシーケンサーDNBSEQ-T10により、高いコストパフォーマンスとハイスループットのメチル化解析を可能にします。エンドツーエンドのバイオインフォマティクスサポートを提供可能で
hWES - ヒト全エクソームシーケンス
従来のエクソームカバレッジに加えて、がん、パーソナルゲノム、免疫不全、および全ミトコンドリアゲノムなど、さまざまな疾患やサンプルに関連するコーディング配列の発現パネル解析を追加できます。
RNA-Seq - ヒトRNA シーケンス
DNBseqテクノロジーを使用して配列決定された高品質データから、大規模な遺伝子発現解析、選択的スプライシングイベント、遺伝子融合、およびその他のトランスクリプトーム異常の発見が可能です。
追加パッケージ豊富なバイオインフォマティクス解析
スタンダードサービスに付随しているバイオインフォマティクス解析に加え、豊富なバイオインフォマティクス解析メニューをご用意しております。
追加パッケージ例
DNBseqテクノロジーを使用して配列決定された高品質データから、大規模な遺伝子発現解析、選択的スプライシングイベント、遺伝子融合、およびその他のトランスクリプトーム異常の発見が可能です。
データQC: アダプターや低品質配列データリードのフィルタリング/FASTQ ファイル
- Secondary Analysis
- BWAを利用したリファレンスゲノムとのアライメントシークエンスDEPTHSとCOVERAGEの要約統計/ベストプラクティスに基づくGERMLINE変異コ ール (WGS,WES)/ベストプラクティスに基づく腫瘍のみ、もしくは腫瘍と正常のペアに対するSOMATIC変異コール(WGS,WES)/METHYLATION EXTRACTION REPORT (WGMS)/GENE COUNTING MATRIX (RNASEQ)
- Tertiary Analysis
- POPULATION STUDIES/VARIANT ANALYSIS/GENE EXPRESSION DATA ANALYSIS/METHYLATION ANALYSIS/DATA INTEGRATION SERVICE/SINGLE